特种医学学科主要包括6个研究方向：第一、 航空与航天医学。

研究航空、航天对人体健康的影响机制，以及相应疾患的预防、诊断和治疗，并提出防护措施，以保障作业人员与乘员在健康、安全、舒适的环境下工作。如航空航天生理学、航空航天生物动力学、航空航天心理学等。第二、航海与潜水医学。就是研究航海条件下，引起航海从业人员的生理、心理反应和病理变化，以及相关疾病的发生、发展规律、诊断和防护以及治疗措施的学科。如航海卫生学、航海流行病学、潜艇医学、高压生理学与医学等。第三、 放射与辐射医学。主要研究电离辐射生物效应及机制，辐射对人体损伤的病理机制、诊治及防护。包括人体在接触放射与辐射源或接受医疗照射治疗过程中对职业照射人员和患者等的防护。如辐射免疫学、辐射遗传学、放射治疗学等。第四、 运动医学。主要是研究运动和缺乏运动给人体带来的生理学、病理学问题以及与竞技运动有关的医学问题。如运动损伤、运动营养学、医疗体育、运动康复及运动伤病的体育防治等。第五、 职业病学。是研究特殊劳动环境对职业人群健康的影响和如何改善劳动条件的一门特殊学科。如粉尘与尘肺、职业中毒、职业性放射性疾病等。第六、 法医学。研究并解决立法、侦查、审判实践中涉及的医学问题的一门科学。如法医伦理学、法医病理学、法医物证学法医精神病学等。