分子设计育种的步骤1.发掘控制育种性状的基因、明确不同等位基因的表型效应、明确基因与基因以及基因与环境之间的相互关系。

2.在基因/QTL 定位和各种遗传研究的基础上，利用已经鉴定出的各种重要育种性状基因的信息，包括基因在染色体上的位置、遗传效应、基因之间的互作、基因与背景亲本和环境之间的互作等，模拟预测各种可能基因型的表现型，从中选择符合特定育种目标的基因型。

3. 分析达到目标基因型的途径，制定生产品种的育种方案，利用设计育种方案开展育种工作，培育优良品种。