蚌埠学院目前有机械与车辆工程学院、电子与电气工程学院、食品与生物工程学院、计算机工程学院、材料与化学工程学院、理学院、经济管理学院、艺术设计学院、外国语学院、文学与教育学院、音乐与舞蹈学院和体育教学部等13个教学单位。

交通运输专业属于机械与车辆工程学院，是省级专业综合改革试点专业。