计算机可以通过多种方式模拟生物。

通过生物物理学来模拟。这种方法通常使用大量粒子模拟技术，如蒙特卡罗模拟和分子动力学(MD)，来模拟生命体系中的自然现象和机制。这种方法可以使用仿真运动模型来确定蛋白质的结构和定义蛋白质对其他分子的影响。通过模拟生物化学来模拟。这种方法的目的是通过制定计算模型来指定相互作用和分子组装的驱动方式和模式。之后，利用计算机程序开发化学反应网络，从而模拟生物化学过程。通过系统生物学来模拟。这种方法从大量实验中获得生物中各项参数，然后代入已知的生化反应网络中，模拟出小范围的生命活动。现在较好的系统生物学已经可以模拟出包含几百种DNA/RNA/蛋白质的生化反应网络。需要注意的是，这些模拟方法都有一定的局限性和复杂性，不能完全替代实际的生物学实验。而且，随着生命科学的不断发展，计算机模拟技术也需要不断更新和完善，以更好地模拟生命体系的各种复杂现象。