分子对接的主要目的是预测化合物或药物分子与靶标蛋白的相互作用，以此来寻找合适的潜在药物分子。具体来说，分子对接可以明确有哪些结合位点能与化合物或药物分子匹配，以及匹配度如何，从而为新药研发提供有用的信息。

1. 分子对接的目的是为了模拟化合物相互作用，寻找即将产生的化合物的潜在治疗应用。

2. 通过分析它们之间的相互作用，预测哪个分子或哪类分子有可能成为潜在的新型药物。这个目的可延伸至医学和科学领域。

所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。