学科教育专业的研究是突出以学科为基础的实践研究，切实推进我国学科课程与教学改革；通过学科课程统整研究，带动综合理科与社会科课程与教材的开发；通过学科教学行动与实验研究，切实推动学科教学模式的改革；通过学科与课程与教学论的融合，实现学科课程与教学论的理论创新。

也就是学科教育专业，更倾向于实践；而课程教学论，则比较注重理论啦（比如说什么教学方法，建构主义之类）。（说实在的，两个差别不是特别大）