教务处自考生的毕业申请需要提交给所在高校的教务处进行审核和审批。

具体来说，应该按照以下步骤进行：（1）在规定时间内登录所在高校教务系统，填写毕业申请表并打印出来；（2）将毕业申请表和其他相关资料复印好，并加盖学校公章；（3）将复印件和原件一起交到所在高校教务处。