一是课程安排不同。

医学实验班前三年在清华进行基础课程、生物医学和医学基础课程（如人体解剖学、组织学、神经解剖学、生理学、病理学、药理学、医学寄生虫学、医学免疫学等）学习。协和临床前两年半在清华生命科学院学习数理化课程和生物医学课程。所以同为医学专业，协和临床两年半预科要比医学院的医学实验班轻松，医学实验班每学期都要完成三十学分的课程；而医学实验班在数理化等基础课上，则比协和临床少了很多。二是时间安排上不同。大四大五医学实验班分别在美国匹兹堡大学医学中心和澳大利亚墨尔本大学医学院做基础医学科研。协和八年制回东单协和医学院学习基础医学课程（如人体解剖学、组织学、神经解剖学、生理学、病理学、药理学、医学寄生虫学、医学免疫学等），并分科室进行住院医训练。三是毕业证不同。医学实验班毕业证上只有清华大学的章子，协和临床八年制毕业证则是北京协和医学院和清华大学的双章。两者毕业生都是非常优秀的，协和每年90个左右的招生规模，在协和医学院你可能接触到更厉害的医学大拿，更雄厚校友资源更丰富。清华医学实验班每年20个左右的招生规模，但中间两年的公费海外科研对一名优秀医生来说则是一条通往成功的捷径。