开设食品科学与工程的高校由于专业侧重有差别，所以在课程设置上有所区别。

以浙江大学为例，食品科学与工程专业学生主要学习化学、生物学和食品工程学的基本理论和基本知识，并接受食品生产技术管理、食品工程设计和科学研究等方面的基本训练。专业核心课程有食品化学与分析、食品营养学、食品微生物学、食品工程原理、食品工艺概论、食品装备与工厂设计等。中国农业大学食品科学与工程专业的主要课程包括有机化学、生物化学、物理化学、食品化学、食品微生物学、食品保藏原理、食品工程原理、生物统计与试验设计、营养学、食品分析、农产品加工工艺学、农产品加工工艺学课程设计、食品安全与质量控制、食品机械与设备、食品工厂设计等。华南理工大学食品科学与工程专业的主干课程有无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、食品微生物学、食品生物化学、食品分析、食品加工与保藏原理、食品工程设备。总体来说，该专业普遍开设的课程有化学、生物学、食品化学、食品分析、食品微生物学、食品营养学、食品工程原理、食品工艺学和食品安全等等。