学校目前设有3个学部：地球科学学部、教育学部、经济与管理学部；30个全日制学院：人文社会科学学院、马克思主义学院、法学院、社会发展学院、外语学院、对外汉语学院、心理与认知科学学院、体育与健康学院、经济学院、工商管理学院、公共管理学院、统计学院、传播学院、艺术学院、美术学院、设计学院、理工学院、物理与材料科学学院、化学与分子工程学院、地理科学学院、城市与区域科学学院、生态与环境科学学院、海洋科学学院、生命科学学院、信息科学技术学院、计算机科学与软件工程学院、国际汉语教师学院、教师教育学院、亚欧商学院、数据科学与工程学院；4个书院：孟宪承书院、经管书院、大夏书院、光华书院；6个实体研究院：思勉人文高等研究院、国际关系与地区发展研究院、河口海岸科学研究院、城市发展研究院、国家教育宏观政策研究院、转化科学与技术联合研究院；2个国家重点实验室：河口海岸学国家重点实验室、精密光谱科学与技术国家重点实验室；1个管理型学院：开放教育学院/上海教师发展学院。

另有设在学校的教育部中学校长培训中心。