1、 中国语言文学系、历史学系、哲学系、人类学与民族学系 ；

2、 新闻学系、广告学系 ；

3、 英语语言文学系、欧洲语言文学系、日本语言文学系、法语语言文学系；

4、 政治学系、 公共管理系、 社会学系 ；

5、经济学系、计划统计系、财政系、金融系、国际经济与贸易系 ；

6、会计学系、企业管理系、管理科学系、旅游系、工商管理教育中心（MBA中心）、高级经理教育中心（EMBA项目）、厦门大学与厦门国家会计学院会计硕士专业学位联合教育中心、物流与项目管理工程硕士教育中心；

7、美术系、音乐系；

8、 数学与应用数学系、信息与计算数学系 ；

9、物理学系、机电工程系 ；

10、化学系、化学工程与生物工程系、化学生物学系 ；

11、材料科学与工程系、生物材料系 ；

12、生物学系、生物化学与生物技术系、生物医学科学系 农业生物技术系；

13、海洋学系、环境科学与工程系；

14、计算机科学系、智能科学与技术系、电子工程系、自动化系、通信工程系 ；

15、临床医学系、预防医学系、药学系、中医系 ；

16、建筑系、土木工程系城市规划系

目前厦大入住翔安校区的学院有：生命科学学院，医学院，公共卫生学院，药学院，海洋和地球学院，环境和生态学院，能源学院，航空航天学院，国际学院。这些学院的相关专业当然全部都在翔安校区。