东南大学最强的专业是电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、交通运输工程、生物医学工程，这些都是国家重点一级学科，国内顶尖水平。

自动化、计算机、土木工程、能源与动力工程有国家重点二级学科，也很不错。机械工程是国家重点二级学科（培育），也属于比较强的。