35°42'39.21"N,139°45'43.99"E东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积 40 公顷，全校绝大部分机构均在这里。

另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及部分后勤设施所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地。原校本区的旧校门枣红门所在地，原为江户时代藩主迎接家庭成员的地方，大门被漆成朱红色。后经东京大地震和二次大战的破坏， 1949 年被国家定为重点文物。 1991 年重新修缮一新，十分有气派，现红门成为东京大学的代名词。