1952年北京大学设立了考古专业。

1952年，在文化部和中国科学院的积极支持下，北京大学历史系考古专业正式设立，苏秉琦先生任考古教研室主任，聘请郑振铎、裴文中、夏鼐、林耀华、郭宝钧诸先生为兼任教授。

1983年7月11日，北京大学校长办公会议决定，考古专业从历史系分出而独立建立考古系，任命宿白先生为第一任系主任，这是考古学系历史上的又一里程碑。

1988年，严文明任系主任，考古学被国家教委确定为全国高校重点学科。同年设立博物馆学专业，并开始招生。

1992年，李伯谦任系主任，考古系与历史系共同建立的北京大学历史学博士后流动站开始工作。 1998年北京大学与国家文物局联合办学成立中国文物博物馆学院、北京大学考古文博院。李伯谦出任第一任院长。

2000年，高崇文任第二任院长。