一、研究对象不同1,从研究的对象来看，自然科学是研究无机自然界和包括人的生物属性在内的有机自然界的各门科学的总称。
现代自然科学产生于四百年前，在发展的过程中，不断有新的假说、新的学科产生，并不断更新、淘汰原有的理论。但其基本假设一直未变，就是认为物质世界是客观的、无意识的，自然规律不受人的主观意志影响。
2,人文科学，则是那些研究人类的交流、信仰、情感、道德和美感等的各门科学的总称，其拉丁文的本意为人性与教养。人文科学是以人的社会存在为研究对象，以揭示人类社会的本质和发展规律为目的的科学。人文科学研究不仅仅是一种真理性探索，往往还代表了一定的价值观和社会集团的利益。人文科学呈现过程区别于自然科学与社会科学对普遍规律的发掘和思考，人文科学更多关注的是人性主观意识中“具体的”、“个别的”和“独特的”价值观，突出独特性、意外性、复杂性和创造性。二学科细节分枝不同1,从涉及学科的细节来看，自然科学涉及有机自然科学和无机自然科学两类。一切生命科学，其中包括人的生理学和人类学以及高级神经活动生理学和心理学的一部分属于第一类；宏观和微观力学、物理学、化学、地质学和天文学等属于第二类。随着人类对客观世界的认知不断加深不断拓宽，人类改造自然的实践活动不断发展，自然界(包括人工创造的物质)极其广泛的内在联系和规律不断被揭示，不但高度发展了原有基础学科，还出现了像控制论、信息论、系统论这样的新的横断学科，更发展出了一系列应用性学科。
2,人文科学包括语言学、文学、哲学、考古学、艺术史、艺术理论以及具有人文主义内容和运用人文主义方法的其他社会科学等，与自然科学在探究和解释世界的方式上存在根本的区别，不同的思维角度，不同的概念定位，不同的语言表达形式，等等。
三、学科属性不同如果说自然科学是理性的产物，那人文科学一定是感性的想象的产物，它使用现象与实在、命运与自由意志等概念，并用情感性的和目的性的语言来表达。
