分子生物学中的一门分支学科，专门研究DNA在变形后仍然保留下来的结构特征，涉及DNA可能的缠绕或变形及从属于它们的数学问题。
DNA拓扑学研究对复制、转录和重组，包括对许多病毒生活周期非常重要的重组事件都很重要。拓扑异构酶可以改变DNA的拓扑结构。
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