2024年扬州大学全日制学术学位研究生的学费为8000元/年·生，全日制专业学位研究生的学费为10000元/年·生（其中会计硕士20000元/年·生、艺术硕士12000元/年·生）。

非全日制硕士收费标准与全日制硕士收费标准基本一致（其中法律硕士15000元/年·生、临床医学10000元/年·生、工商管理硕士30000元/年·生、公共管理硕士20000元/年·生、会计硕士30000元/年·生、工程管理硕士20000元/年·生）。