目前，南京禄口机场已开通直飞洛杉矶、法兰克福、悉尼、温哥华、赫尔辛基、圣彼得堡、米兰、莫斯科等8条远程洲际航线。

定期国际及地区客运航班主要通航新加坡、曼谷、吉隆坡、首尔、釜山、济州、东京、大阪、冲绳、札幌、巴厘岛、暹粒、岘港、马尔代夫、普吉、芽庄、卡利博，以及中国香港、澳门、台北、高雄、台中、台东等地。