区别一是位置不同，黄埔港地处黄埔区，南沙港地处南沙区。区别二是建港时间不同，黄埔港建港时间长，历史悠久，南沙港是近几年新建。区别三是黄埔港为货运港，规模有限。南沙港为客运货运均有，规模很大，很快会跻身世界前列。

黄埔以内河港，近洋近海为主，南沙以远洋航运为主。黄埔和南沙的主要发展方向不同，国家要将南沙打造成粤港澳全面合作的示范区，这是它的主题，而黄埔应该把新加坡、RCEP作为主要对外合作的对象。

南沙港和黄埔港都是广州港旗下的港口。

其中南沙港位于珠江口，南沙区万顷沙，是大型的海洋货运集装箱码头，在国内也是前十名的港口。

黄埔港位于黄埔区，属于珠江内河道，因此货运量不如南沙港，但是可以直接通过河运连通内地省份，内陆运输。

南沙港和黄埔港都是广州市内两大港口，分别在广州的南部和东部，相比而言，黄埔港属于老港口，历史悠久，配套设施完善，进口货物种类丰富齐全。

南沙港属于新港口，接货种类化工类进口货物，也包含各种危险品货物。目前到货黄埔港的船只和货物还是比南沙港多。