应该不会有什么问题，审查的时候以第一学历为主，因为本科文凭是能在学信网尚查到的，2005年之后都是电子档案。相关规定是拥有了符合规定的本科毕业证和学位证才能申请就读研究生。所以只要你的大学证件没问题（学信网能查到）就不会有太大的问题。如果实在担心，个留学认证中心做个说明也行，不是什么大事。