克市是西伯利亚的教育中心之一，规模仅次于新西伯利亚。

有超过30家高等院校 (多数是俄罗斯科学院的分支机构)和约200家中学。最重要的院校有：西伯利亚联邦大学 (俄语简写 КГУ)，成立于1963年，原为新西伯利亚国立大学的分校，1969年独立，后更名为克拉斯诺亚尔斯克国立大学。克拉斯诺亚尔斯克国立科技大学 (俄语简写 КГТУ)，成立于1956年。克拉斯诺亚尔斯克国立师范大学 (俄语简写 КГПУ)，成立于1932年。西伯利亚国立科技大学 (俄语简写 СйбДТУ)1930年成立，初称西伯利亚林学院，为全市最古老的院校Sukachev林学院，成立于1944年。此外还有克拉斯诺亚尔斯克大学、克拉斯诺亚尔斯克农业大学以及克拉斯诺亚尔斯克艺术学院、有色金属和黄金学院、商学院、建筑工程学院、医学院、师范学院、工学院、西伯利亚美术学院、西伯利亚航空学院、西伯利亚水运工程学院等。 与新西伯利亚一样，克市也设立了科学城。当中的生物物理研究所曾经在1973至85年间成功进行类似美国生物圈二号的实验 (称为Bios)。