武汉大学最初是没有樱花的，后来的樱花是抗日战争时期，侵华日军占领武汉，把武汉大学收为军用，一部分校舍成为了日军医院，日军为了缓解住在这里休养的大批日兵伤员的思乡之情，同时亦有炫耀武功和长期占领之意，从国内运来了樱花，开始在武大校园栽种，这是武大的第一批樱花 也是日本侵华的罪证，同时也是武大樱花的缘起。

第一批樱花栽种不超过30株，随着抗日战争结束，日本投降后，这批樱花陆续死掉了。

1972年中日邦交正常化，日本首相赠送我国1000株大山樱，有关部门将其中50株转赠给了武汉大学。后来陆续有一些中日友好团体向武大赠送了300余株樱花苗。随后武大园林科更是引进和栽种樱花树苗600余株，并且武大引进和栽种樱花的行动从未停止。