1829年，赫尔岑考入莫斯科大学哲学系数理科学习。

在大学里，赫尔岑与社会上的革命组织有了更多的接触。他自称为“十二月党人的儿子”，并自己组织了一个政治小组，举行秘密的会议，热烈地讨论世界各国的政治活动，揭露俄国与世界各国统治阶级的种种罪恶行为。渐渐地，赫尔岑成为小组中的领袖人物。1833年7月，赫尔岑以优异的成绩毕业。他的毕业论文《哥白尼太阳学说的分析》，获得了硕士学位与银质奖章。