安徽医科大学的前身是1926年5月由郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大的校址上（上海市沪军营）创办的私立东南医科大学。

当年9月10日开学。

1949年响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽怀远。

1952年定址合肥，改名安徽医学院。

1985年更名安徽医科大学。作为安徽医药高等教育的发源地，学校始终是安徽省高等医学教育事业和卫生健康事业的开创者、孕育者和引领者。