我不具备最新的政策法规信息，但是根据我所了解的情况，清华与日本的合作需要经过相关部门的批准。

具体来说，如果涉及到国家安全、敏感技术等方面，需要经过国家相关部门的审批和批准。同时，清华大学也会遵守国家相关法规和政策，确保合作项目的合法性和合规性。总之，清华与日本的合作需要经过相关部门的批准和监管，以确保合作的安全和合法性。