元培学生可在学校教学资源允许的条件下，自由选择全校各个专业的任意课程。

在对北大的学科状况、专业设置、培养目标有所了解后，元培学生于第三学期在导师指导下根据能力和志趣在全校范围自主选择专业。元培学院前身是 2001年北京大学成立的元培计划实验班，是在北京大学积极承担新时期中国高等教育体制改革重任，探索新时期中国综合性高水平研究型大学本科人才培养新模式的背景下诞生的具有示范性的优质本科教学基地。