交换生办理入台许可证和国台办赴台批件均由高校代为办理，入台许可证为7-10天左右（具体取决于台湾移民署审核速度及往来寄送物流速度），国台办赴台批件为20天左右。

赴台交换生首先在校方的指导下填写大陆居民往来台湾地区申请表，高校代为收集，并开具在校证明等相关证明一并提交予台湾的姊妹高校和国台办。台湾方高校确认后向台湾移民署申请并由移民署签发入台许可证。同时国台办出具相关应邀前往台湾进行学术、文化交流的红头文件，赴台交换生凭借该文件和其他相关身份证明前往户籍所在地的地级市出入境管理局申请大陆居民往来台湾通行证和y类型签注（y签：应邀签注，前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或参加会议、进行两岸事务性商谈、采访等）。赴台交换生可凭借大陆居民往来台湾通行证上的证件号码购买机票，并持该证件及该证上所附的y类型签注、入台许可证在台办理入境手续。