昌吉学院专科英语教育，汉语言文学，数学与应用数学，工业分析技术，地理教育，化学教育，历史教育，公共事业管理，化学工程与工艺，视觉传达设计，音乐表演，能源与动力工程，中国少数民族语言文学，数学教育，文秘，学前教育，计算机应用技术，电子信息工程技术，工商企业管理。

2018年6月学校官网显示，学校设有中文系、中语系、经济管理系、外语系、数学系、计算机工程系、物理系、化学与应用化学系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、马克思主义学院、继续教育学院、航空学院等15个二级教学单位，共73个本、专科专业（其中40个本科专业，33个专科专业）。

十三个系。中文系（汉语言文学，新闻，文秘，语教），外语，数学，物理，化学，经管（工商管理，公共事业管理等），体育（社会体育，体育教育），美术，初等教育学院，社会科学系，音乐，美术，计算机。都以师范类的为主。我没有写全，我能记住的就这么多。每个系都有非师范的专业。也都分本科和专科。

昌吉学院的专科专业有文秘 、电气自动化 技术 、数学教育、 工业分析技术、 工商企业管理等 。