神树坪熊猫基地与碧峰峡熊猫基地的区别在于：- 位置不同：神树坪基地位于四川省阿坝藏族羌族自治州汶川县西南部，邛崃山脉东南坡；碧峰峡基地位于四川省雅安碧峰峡景区。

- 熊猫类型不同：神树坪基地主要负责野化准备放归山里的成年大熊猫；碧峰峡基地则以成年的大熊猫以及3-4岁的熊猫为主。此外，两个基地的门票价格也有所不同，碧峰峡基地的成人门票加观光车票加观光电梯是95元。