南航地处浦东国际机场第二航站楼，位于第一航站楼东侧，建筑面积48万平方米，充分体现了科学发展观的要求，强化了“满足基地航空公司及其联盟中枢运作的需要”和“以人为本，最大限度方便旅客”的设计理念。

T2航站楼采用三层式航站楼结构，方便旅客中第一层：到达区，旅客可在本层选择搭乘交通工具：机场线、出租车站点。第二层：接机区，国内到达2C；国际到达2A。第三层：出发区，国内、国际航班旅客办理值机手续、行李托运。南航的柜台为L岛（20—34）国内值机区；D岛（33—36）国际值机区。