学校有21个学院,71个本科专业.专业设置:集美大学航海学院:航海技术、交通运输、物流管理、微电子科学与工程。
集美大学轮机工程学院:轮机工程、船舶与海洋工程、电气工程及其自动化、船舶电子电气工程。集美大学水产学院:水产养殖学、海洋渔业科学与技术、水生动物医学、动物科学、动植物检疫。集美大学食品与生物工程学院:食品科学与工程、生物工程、环境工程。集美大学体育学院:体育教育、运动训练、社会体育指导与管理、武术与民族传统体育)。集美大学财经学院:经济学、财政学、金融学、投资学、国际经济与贸易、会计学。集美大学教师教育学院:小学教育、学前教育、教育技术学。集美大学工商管理学院:工商管理、市场营、审计学、旅游管理、电子商务。集美大学音乐学院:音乐表演、音乐学、舞蹈表演。集美大学美术学院:动画、美术学、视觉传达设计、环境设计。集美大学信息工程学院:电子信息工程电子科学与技术、通信工程。集美大学计算机工程学院:计算机科学与技术、软件工程、网络工程、智能科学与技术、信息管理与信息系统。集美大学机械与能源工程学院:机械设计制造及其自动、材料成型及控制工程、机械电子工程、车辆工程、能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程、智能制造工程。集美大学理学院:数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、数据科学与大数据技术、地理信息科学、光电信息科学与工程。集美大学外国语学院:英语、日语、翻译。集美大学法学院:法学、社会工作。集美大学文学院:汉语言文学、汉语国际教育。集美大学港口与海岸工程学院:港口航道与海岸工程、工程管理、环境工程、地理信息科学。