1979年苏联入侵阿富汗，索科洛夫元帅被任命为阿富汗战事的苏军前敌总指挥，他指挥苏军先控制了阿富汗所有的大城市，又以米格式战机、萨姆导弹等先进武器对阿富汗游击队进行了一轮又一轮的残酷扫荡。

1980年，索科洛夫因为在指挥阿富汗战争中表现勇敢坚决，获得了“苏联英雄”称号（但苏军最终在还是在阿富汗战场陷入泥沼，不得不撤军）。

1984年他荣升为苏联国防部长。