在动漫《名侦探柯南》中，工藤新一最先在第1集《再见了，工藤新一》中出现，并在随后的几十集中持续出现。

下面是工藤新一相关剧情和对应集数：第1集《再见了，工藤新一》：讲述了工藤新一被组织下毒变成小学生柯南的故事第54-56集《工藤新一纽约事件》：讲述了工藤新一前往纽约解决谜案的故事。第129-130集《工藤新一的犯罪预感》：讲述了工藤新一回到中学继续追查黑衣组织的故事。第176-178集《工藤新一失踪事件》：讲述了工藤新一与黑衣组织的对决以及他失踪的故事。第345-347集《工藤新一京都挽歌》：讲述了工藤新一和小兰前往京都旅行时卷入的神秘谋杀案。