再次办理的话影响肯定是有的，再次申请日本留学签证的时候必须写上次放弃在留的原因，而且理由要诚恳且是入管觉得合理并可以接受的，因为你再次申请的时候入管会考虑这次申请如果再给你批复在留的话你会不会和上次一样放弃，所以这个很重要的。

另外留学签证办好后有效期也就三个月，三个月内没有拿着在留之类的文件去日本激活签证的话一年的留学签证自然就作废了。至于在签证有效期内办理旅游签和商务签，是可以的，只是在办理签证的时候写一个销签的说明就行。不过不太建议办理工作签。以上，希望对你有所帮助。