清华大学还有一块重要的“飞地”，同时也是一处全国重点文物单位——这就是北京协和医学院，同时也是中国医学科学院。

由于这所学校在历史上和清华有着千丝万缕的关系，所以直到如今，仍有着“北京协和医学院—清华大学医学部”的第二官方名称。北京协和医学院最早可以追溯到19世纪后，不过，真正让协和成为世界一流医学院的，还是因为财大气粗的洛克菲勒集团入主协和。

1915年7月，洛克菲勒集团旗下的“中华医学基金会”正式接管北京协和医学堂，随即投资收购了东单三条原清朝豫亲王府的全部房地产，在此基础上重建了一所气势恢宏的建筑群，形成了今天的协和医学院。