一、性质不同1、中外合作办学机构：中外合作办学机构是有拥有办学、办事、办证资质以及教育部颁发给机构的教育资质及留学资质的机构。

2、中外合作办学项目：中外合作办学项目是指经国家教育部批准的国内高校与国外高校中外合作的办学项目。

二、资质不同1、中外合作办学机构：中外合作办学机构有着自己的办学、办事、办证资质，有着教育部颁发给机构的教育资质及留学资质。

2、中外合作办学项目：中外合作办学项目不需要考虑资质，由中外合作办学机构提供所需资三、管理不同1、中外合作办学机构：中外合作办学机构一般由机构管理，教育部门进行严格把控。

2、中外合作办学项目：中外合作办学项目一般由高校管理，教育部门进行严格把控四、办学主体不同1、中外合作办学机构（如：温州肯恩大学、宁波诺丁汉大学等大学）；

2、中外合作办学项目（如：北京工业大学与美国新泽西理工大学工程管理理学硕士；北京大学与香港理工大学合作举办中国社会工作文学硕士学位教育项目）；中国内地与港澳台地区合作办学机构和内地与港澳台地区合作办学项目一般情况下也归为中外合作办学。中外合作办学的审批、评估和管理一般由教育部国际交流与合作司进行。中外合作办学属于公益性事业，是中国教育事业的组成部分。国家对中外合作办学实行扩大开放、规范办学、依法管理、促进发展的方针。国家鼓励引进外国优质教育资源的中外合作办学。中外合作办学者、中外合作办学机构的合法权益，受中国法律保护。