新西伯利亚国立大学的研究生专业主要有：数学、应用数学与信息学、力学、物理信息学、认识论与哲学史、科学逻辑与方法学、外语与文化教学的理论与教法、翻译与翻译学、文化理论与实践、化学、生物学、医学生物学、地质、矿物勘探的地球物理法、地球化学、可燃矿物地质与地球化学、组织心理学、心理学疑问解答、语文学、东方学、广播新闻、电视新闻、报纸新闻、经济学、社会学、经济与法律学、经济与管理（再教学）、控制系统。

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