尽管公派留学相对于自费留学会省去了留学费用，但其的弊端其实也是相当明显的。

首先，公派留学选手给予了一个良好背景的人士，不少学生可能并没有实力去申请公派留学。其次，由于公派留学被认为是“国家的脸面”，因此往往会有政治信息的干预影响，导致学生可能无法自由选择科目和学校。再者，大多数公费留学中，该生需要回国履行约定，如在某些高校或研究机构工作一定时间等，这势必会影响到该生的未来选择。