江苏工程学院（现更名为南通理工学院）有多个专业都具有一定的优势和特色，因此很难说哪个专业最好。

以下是该校一些较为出色的专业，供您参考：1，工程造价：该专业旨在培养掌握工程造价基本理论和技能，具备从事建设工程项目决策和全过程造价管理能力的高级应用型人才。该专业在江苏省内具有一定的知名度和影响力。

2，电子商务：该专业是现代职业教育中的重要领域，被列为国家示范性高职院校重点建设专业。该专业注重培养学生的电子商务实践能力和创新创业精神，毕业生就业前景广阔。

3，工业机器人技术：该专业是南通理工学院的校级重点建设专业，旨在培养掌握工业机器人技术及应用方面的高技能人才。随着智能制造的快速发展，该专业毕业生具有较强的市场需求。

4，生物制药技术：该专业是南通理工学院的特色专业之一，集生物技术、制药工艺于一体，旨在研发和生产高质量的药物和保健品。该专业毕业生在医药行业具有较强的就业竞争力。

5，化妆品技术：该专业注重培养学生的化妆品研发、生产、包装等方面的专业技能，是南通理工学院的另一特色专业。随着人们对美的追求不断提高，该专业毕业生在化妆品行业具有较好的就业前景。需要注意的是，每个专业都有其独特的课程设置和就业方向，学生应根据自己的兴趣和职业规划选择适合自己的专业。同时，南通理工学院也在不断发展壮大中，新的优秀专业也在不断涌现。