三本。

建筑工程学院是南京工程学院二级学院之一，其前身可追溯到南京工业学校电气学科部2000年筹建的房屋建筑工程专业（专科）；2001年3月南京工业学校并入南京工程学院，电气学科部被合并组建为机电工程一系；2001年9月依托机电工程一系招生首届房屋建筑工程专科生，2002年9月在机电工程一系设立建筑工程教研室；2003年6月建筑工程教研室从机电工程一系独立出来，成立建筑工程系，并于同年9月招生第一届土木工程专业本科生。建筑工程系经4年发展，于2007年1月更名为建筑工程学院，同年停止专科招生。