总体来说，东京大学要好于京都大学，京都大学和东京大学都是日本数一数二的学校，东京大学是一所综合性很强的学校，相比而言京都大学比较偏理科。不过每所大学都有每所大学的优势专业，所以也不能单纯的说东京大学好还是京都大学好。

2021年QS世界大学排名，京都大学排第38位，东京大学排第24位；2020年U.S. News世界大学排名，京都大学排第124位，东京大学排第74位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，京都大学排第54位，东京大学排第36位；2020年软科世界大学学术排名，京都大学排第34位，东京大学排第26位。