长崎大学是位于长崎县长崎市的日本著名一流研究型国立大学之一，其医学、化学、经济学等专业在日本学术界享有较高的声誉。长崎大学位列2021年QS世界大学排名第531-540位，2020年U.S. News世界大学排名第931位，2021年泰晤士高等教育世界大学排名第1000+位，2020年软科世界大学学术排名第801-900位。

民间排名把日本的大学共分为了S级到F级。其中，S级大学最好，是国际超一流大学；A级其次，是国际一流大学；再往下是B类国内一流大学、C类国内准一流大学、D类国内二流大学，以此类推超过600所大学被归为E、F级别大学。长崎大学排在CⅠ级级别，属于日本次一流大学。