京都大学和清华大学都是亚洲数一数二的大学，如果单纯从排名上来看，清华大学要好于京都大学，不过在很多科研者的心里，京都大学要好于清华大学，很多科研者认为东京大学为亚洲第一，京都大学为亚洲第二，而清华北大处于亚洲第四梯队。

2021年QS世界大学排名，京都大学排第38位，清华大学排第15位；2020年U.S. News世界大学排名，京都大学排第124位，清华大学排第36位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，京都大学排第54位，清华大学排第20位；2020年软科世界大学学术排名，京都大学排第34位，清华大学排第29位。