长崎大学和冈山大学从综合实力上来看，两所院校基本不相上下，两所院校都是日本一流的研究型国立大学，两所院校的医学部都是旧制六大医科大学（长崎大学、新泻大学、金沢大学、千叶大学、冈山大学、熊本大学）其中一所，俗称名门旧官六，在日本学术界尤其是医学界执牛耳。除此之外，长崎大学的化学、经济学等专业在日本学术界也享有较高的声誉。

2021年QS世界大学排名，长崎大学排第531-540位，冈山大学排第571-580位；2020年U.S. News世界大学排名，长崎大学排第931位，冈山大学排第577位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，长崎大学排第1001+位，冈山大学排第801-1000位；2020年软科世界大学学术排名，长崎大学排第801-900位，冈山大学排第401-500位。