詹姆斯库克大学是澳大利亚国内最顶尖的研究性大学之一，其热带生物科学专业在全球属于领先地位。受到全球认可的学科有海洋生物、沿海与环境科学、热带雨林、世界旅游业组织鉴定学会、海洋考古学、公共卫生学，其海洋学科是全球顶尖大学之一。

海洋科学是该大学规模最大的强项研究领域，该大学25%以上的预算都用于该领域的研究。其研究强项还有生物技术，地球科学和分子科学。詹姆斯库克大学的环境保护、酒店管理、项目管理、医院管理、金融财务管理、心理学、商务与环境科学等专业的本科及硕士课程也为该校的强项，均在澳洲大学专业学术排名前十。另外，詹姆斯库克大学MBA课程（商业管理硕士）在澳大利亚具有相当声誉，澳洲排名前五。