北海道大学和清华大学都是世界一流的综合性研究型大学，基本上来说每所院校都有各自的优势专业，不过总体来说，清华大学要好一些。而且从世界大学排名的角度来看，清华大学也要比北海道大学排名高很多。

2021年QS世界大学排名，北海道大学排第139位，清华大学排第15位；2020年U.S. News世界大学排名，北海道大学排第412位，清华大学排第36位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，北海道大学排第501-600位，清华大学排第20位；2020年软科世界大学学术排名，北海道大学排第151-200位，清华大学排第29位。