大阪市立大学和熊本大学相比的话，从综合实力上来看基本不相上下。两所院校都是日本国内一流的公立大学，不过两所院校也有其特色专业，比如大阪市立大学是日本的旧制三大商科大学之一，医科也尤为有名；而熊本大学以其出色的科研实力闻名国际，其前身熊本医科大学为当时日本最顶级大学群”旧官立大学“中“旧六医大”的一员。

2021年QS世界大学排名，大阪市立大学排第541-550位，熊本大学排第561-570位；2020年U.S. News世界大学排名，大阪市立大学排第1009位，熊本大学排第945位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，大阪市立大学排第1001+位，熊本大学排第1001+位；2020年软科世界大学学术排名，大阪市立大学排第701-800位，熊本大学排第801-900位。