如果单纯从大学排名的角度来看的话，根据2021QS世界大学排名，东京农工大学排第601-650位，国内的大学像华东理工大学、湖南大学、暨南大学、深圳大学均处于该区间。总起来说，东京农工大学相当于国内的211/985的院校。

不过东京农工大学是一所小规模的单科大学，设有农学和工学两个院系，所以其真实的实力要高于其排名。东京农工大学是一所日本一流的研究型国立大学，日本卓越研究生院计划的13所顶尖院校之一，作为专注科学研究，小而精的日本著名研究型国立大学，东京农工大学在规模极小的情况下却诞生了诸多世界顶尖的科研成果。