东京农工大学是一所日本一流的研究型国立大学，日本卓越研究生院计划的13所顶尖院校之一。2021年QS世界大学排名，东京农工大学排第601-650位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，东京农工大学排第1001+位。

作为专注科学研究，小而精的日本著名研究型国立大学，东京农工大学在规模极小的情况下却诞生了诸多世界顶尖的科研成果。东京农工大学注重产学研合作，其教员同企业的共同研究人均实施件数排名日本第一，从企业获得的人均科研经费排名日本第五，2011年的知识产权收入排名全日本第一。