东京农工大学是一所日本一流的研究型国立大学，日本卓越研究生院计划的13所顶尖院校之一。2021年QS世界大学排名，东京农工大学排第601-650位。东京农工大学注重产学研合作，其教员同企业的共同研究人均实施件数排名日本第一，从企业获得的人均科研经费排名日本第五，2011年的知识产权收入排名全日本第一。

东京农工大学是一所小规模的单科大学，设有农学和工学两个院系。作为专注科学研究，小而精的日本著名研究型国立大学，东京农工大学在规模极小的情况下却诞生了诸多世界顶尖的科研成果。东京农工大学长年积累形成的科研实力、科研成果的展示推广能力以及统筹产官学协作能力，达到校外各界公认的顶级水平，由此各界公认该大学实力不亚于规模超过该大学的综合性大学。